Las primeras referencias históricas seguras nos llevan ya a la Edad Media. En un documento de Sancho II (1068) se concede el derecho de pasto de los territorios de "Fluena" a la diócesis de Oca-Burgos. Sin embargo, debemos suponer que el poblamiento de toda la comarca, en torno a un edificio religioso, se produjo bastante antes, cuando menos, en las oleadas repobladoras del siglo IX.

Los avatares que sufrió este municipio durante la Edad Media, son los mismos que padecieron el resto de los lugares del valle de Toranzo. En el siglo XIV, el rey Alfonso XI, cede este territorio de realengo, con gentes de behetría, a su hijo don Tello, respetando los lugares vinculados al Obispado de Burgos. Durante el siglo XV, Juan II, en base a derechos sucesorios, se lo concede a la casa de Manrique , y queda anexionado al señorío del conde de Castañeda. Esta cesión significará el inicio de un periodo de luchas señoriales, sobre todo con los Mendoza, pero también con nobles locales menores como los Ceballos, Villegas, Pachecos, Barredas, etc. Por otra parte, los antiguos hombres de behetría reclamarán, mediante pleitos, la recuperación de su condición de realengo. Consolidado el poder de los condes de Castañeda y marqueses de Aguilar, todas las tierras quedarán vinculadas a su señorío hasta finales del siglo XVIII. A principios del siglo XIX, el territorio recuperará su antigua condición y se configurará como municipio perteneciente a la provincia de Cantabria.